בתקופה ה"חסרת מדינה" שלאחר מותו של איבן האיום, עם פיודור החולה והחלש, החלו הבויארים במאבק גלוי על השלטון. החזק שבהם היה האופריצ'ניק לשעבר גודונוב. לאחר מותו של תיאודור, הפטריארך איוב אסף זמסקי סובור כדי לבחור ריבון חדש. מועצת הפטריארך, הדומא הבויאר ואנשי שירות ונציגי האוכלוסייה המסחרית והתעשייתית של מוסקבה התאספו בקתדרלה זו. המועמדים הסבירים ביותר היו שני אנשים: גיסו של הצאר בוריס פיודורוביץ' גודונוב ובן דודו של הצאר פיודור, בנו הבכור של ניקיטה רומנוביץ' - פיודור ניקיטיץ' רומנוב.
שנות שלטונו של בוריס גודונוב הגיעו בתקופה קשה בהיסטוריה של המדינה הרוסית. זו הייתה התקופה שבין 1598 ל-1605. למעשה, הצאר העתידי היה בשלטון כבר תחת בנו החולה של איבן האיום, פיודור.
שלטונו של בוריס גודונוב החל בצורה מעורפלת. בפברואר 1598 הציעה המועצה את כס המלוכה לבוריס, אך הוא סירב. כדי שהוא יסכים, אורגנה תהלוכה דתית למנזר העלמות, שם שהה בוריס עם אחותו. המלך לעתיד נאלץ להסכים לעלות על כס המלכות. לפיכך, בחירתו של גודונוב הייתה פופולרית. עם זאת, במקבילהוא האמין שהוא נקט בסתר איומים ושוחד כדי להשיג זאת.
בוריס היה נשוי לממלכה רק ב-1 בספטמבר, משוכנע בחוזק הבחירה של העם. שלטונו של בוריס גודונוב לכל אורכו היה מובחן בזהירות יתרה. הוא פחד מניסיונות כוחו, חיסל את כל הבויארים שחשודים בו. יריבו האמיתי היה רק פדור ניקיץ' רומנוב, וכתוצאה מכך הועמדו כל הרומנובים למשפט באשמת קשירת קשר נגד הריבון. הבויארים לא אהבו את הצאר, ורואים בו את היורש של האיום עם רדיפת האצולה.
שלטונו של בוריס גודונוב היה המשך למדיניותו של פיודור, או יותר נכון מה שגודונוב עשה תחתיו. בכל האמצעים, הוא ביקש להחזיר את שלומם של העם, שהופר בעידן גרוזני. במדיניות החוץ הוא ביקש להימנע מהתנגשויות, להימנע ממלחמות חדשות. הוא דאג לחיזוק הצדק, הוא רצה להיות ריבון טוב לעם. הוא באמת נתן הטבות רבות לפשוטי העם. שלוש שנים ברציפות, משנת 1601, אירע כשל ביבול, שהוביל למקרי רעב מסיביים. בוריס ארגן חלוקה חינם של לחם לרעבים מאוצר המלוכה, הקים בניינים גדולים בבירה כדי לתת לאנשים הכנסה.
שלטונו של בוריס גודונוב לווה ברעב, שוד, אבל זו לא הייתה אשמתו. עם זאת, זה תרם לצמיחת חוסר שביעות הרצון מהמלך. אחרי הרעב בא חוסר מזל שני - התקוממות עממית של הצארביץ' דמיטרי. במהלך המאבק הזה, בוריסגודונוב מת באופן בלתי צפוי (1605).
גודונוב ייחס חשיבות רבה לחינוך האירופי. המלך התקשר עם מומחים זרים בתחום הטכנולוגיה והרפואה, לקח אותם ברצון לשירות הציבורי. הוא שלח צעירים למדינות זרות, תכנן לארגן את בתי הספר במוסקבה בדרך זרה. הוא הקים גזרה צבאית של גרמנים לפי דגם זר. תחת גודונוב, ממשלת מוסקבה נמשכה בבירור למגעים הדוקים יותר עם המערב הנאור ולהטמעת הידע האירופי.
אז שלטונו של בוריס גודונוב מתואר בקצרה על ידי רוב ההיסטוריונים. רבים מפקפקים באיזו צורה חוקית הוא קיבל את השלטון, מתוך אמונה שמעשה ידיו היה רצח בנו הצעיר של האיום, צארביץ' דמיטרי, באוגליץ'.
