הנהרות והאגמים הגדולים של אפריקה ממלאים תפקיד חשוב מאוד עבור היבשת, מכיוון שהם משמשים להשקותה ולהשקיתה. על נהרות גדולים נוצרו מספר מאגרים, שנפחם הכולל עולה על חמישה עשר קילומטרים מעוקבים. הגדולים שבהם הם כגון נאצר, קריבה ו-וולטה. רוב האגמים הגדולים ממוקמים במישור המזרח אפריקאי ויש להם עומק ניכר. לדוגמה, טנגניקה באינדיקטור זה על כל הפלנטה היא שנייה רק לבאיקאל. הנקודה העמוקה ביותר שלו נמצאת במרחק של 1470 מטרים מפני המים. האגם הגדול ביותר ביבשת הוא ויקטוריה.
דירוג "הנהרות הגדולים באפריקה" ובראשם הנילוס. אורכו הכולל הוא 6671 ק"מ. הוא מתחיל בצורת נהר Kagera ולאחר שעבר דרך כמה אגמים, זורם מתוכם בשם הנילוס הלבן. בהמשך, סמוך לעיירה חרטום, זורם לתוכה הנילוס הכחול, שיוצא מאגם טאנה, השוכן בהר האתיופי. לאחר שהצטרפו למכלול אחד, הנהרות הגדולים הללו של אפריקה יוצרים מסלול רחב מאוד, הנקרא הנילוס.בחלק העליון שלו יש מספר רב של אגמים, מפלים ומפלים. במישור מופיעים יובלים וענפים רבים, ולכן העמק הופך לביצתי למדי. מאחורי הביצות, במורד הזרם, לאורך הגדות, נוצר מעין מסדרון ירוק מרצועות עצים צרות. על רקע מדבריות צהובים, זה נראה מנוגד למדי.
חלק משמעותי מהנהר מוקף במדבר חסר מים. למרות זאת, הנילוס תמיד זורם במלואו, במיוחד בקיץ ובסתיו. כמו נהרות מרכזיים אחרים באפריקה, יש לו חשיבות רבה לחקלאות. העובדה היא שאחרי ירידת המים נשארת שכבת סחף המפרה את כדור הארץ. זה מאפשר לך לקבל תשואות הגונות. אין זה מפתיע שעמק הנילוס הפך לערש האמיתי של האנושות לפני כמה אלפי שנים. הודות לו, בשטחה של מצרים המודרנית הופיעה לראשונה החקלאות ונוצרה אחת המדינות החזקות הראשונות על פני כדור הארץ.
השני ברשימה של "נהרות מרכזיים של אפריקה" הוא קונגו, באורך 4320 ק"מ. הוא נחשב לנפוץ ביותר בכל חצי הכדור המזרחי. לאורך מסלול הנהר סמוכים אליו יובלים רבים מהאזורים הדרומיים והצפוניים של היבשת. בתקופה שבין מרץ עד נובמבר, קונגו ניזונה בעיקר מיובלים ימניים, ומספטמבר עד מרץ - מיובלים שמאליים. ההסבר לכך די פשוט: העובדה היא שעונת הגשמים בהמיספרות שונות של היבשת נופלת בזמנים שונים. הניואנס הזה ממלא תפקיד חיובי, כי בזכותו הנהר זורם במלואו לאורך כל השנה.
כאשר קונגו זורם לאוקיינוס האטלנטי, נוצר פתח ענק, כך שהמים ממנו מגיעים רחוק עמוק לתוך הנהר (עד 17 קילומטרים). בהשפעתו, המים העיליים של האוקיינוס נשארים טריים במרחק של כ-75 קילומטרים מהפה. מי קונגו הם תחילה בצבע חום, ולאחר מכן צהבהב. הוא בולט אל מול מי האוקיינוס הכחול אפילו שלוש מאות קילומטרים מהחוף.
נהרות מרכזיים נוספים באפריקה הם הניז'ר (4160 ק"מ), הזמבזי (2660 ק"מ) ונהר האורנג' (1860 ק"מ).
